IE8, скорее всего, не запрашивает перезагрузку машины; служба установки предложит перезагрузить компьютер. IE9 может просто по-разному работать с открытыми файлами.
Как вы обновляете контроль? Вы устанавливаете новый как другое имя файла? (если файл используется, вы не можете заменить его, если что-то не заменило; это может привести к тому, что установщик захочет перезагрузить компьютер)
Кроме того, если вы устанавливаете новый файл, но старый файл используется, многие установщики отмечают, что этот файл будет удален при следующем перезапуске, и это, как правило, приводит к тому, что установщик запрашивает перезагрузку компьютера.
Если вы используете установщик MSI, есть менеджер перезапуска, который вы можете отключить вручную, если хотите; с WiX я считаю, что команда <Property Id="MSIRESTARTMANAGERCONTROL" Value="Disable" />
В любом случае, может быть, это даст вам несколько идей, на которые стоит взглянуть.