Flyway и Liquibase могут работать с DML.
Говоря с точки зрения Flyway, Flyway был построен с нуля с учетом как DDL, так и DML (конфигурация, справочные данные, ...).Весь диапазон команд DML можно использовать, поскольку миграции записываются в виде простых файлов SQL.
Для более подробного сравнения обеих платформ посмотрите на этот вопрос и сравнение матрица на домашней странице Flyway.