Мне нужно убедиться, чтобы быть уверенным, но я думаю, что происходит то, что вы видите ошибки компилятора при первой сборке, а затем при открытии файлов вы получаете дополнительные предупреждения (желтый значок) или ошибки (красный х) специфично для файла. Кроме того, есть настройка, показывающая только первые n ошибок, поэтому, если вы превысили этот порог, это может привести к такому поведению.
Как правило, когда у вас есть куча таких ошибок, есть некоторая распространенная причина, которая, если ее устранить, исправит остальные. Например, отсутствует ссылка или что-то в этом роде.