Вместо установки сертификата в LocalMachine, который требует повышенных привилегий, вы можете добавить его в «CurrentUser» (работает для меня).
X509Store store = new X509Store(StoreName.TrustedPeople, StoreLocation.CurrentUser);
store.Open(OpenFlags.ReadWrite);
store.Add(cert); //where cert is an X509Certificate object
store.Close();