Eclipse использует локальную историю для каждого файла ... но лично я бы настоятельно рекомендовал использовать для этого систему контроля версий. Если вы используете что-то вроде git или Mercurial, ваши коммиты все равно локальны - и это означает, что вы получите непротиворечивый снимок в моменты, когда вы считаете, что достигли полезной точки.
Обладая небольшим опытом, вам понадобится всего несколько секунд, чтобы зафиксировать вашу текущую работу, и я думаю, что она может оказаться более полезной с течением времени, чем автоматическое создание снимков либо при каждом сохранении, либо через случайные интервалы.
(Трудно понять, действительно ли Eclipse будет вам полезен, поскольку вы не указали, на каком языке будете программировать. По общему признанию, в Eclipse есть плагины для значительного числа языков ...)