Есть ли у вас какая-либо область, изменяющая привязки службы WCF?
Если вы используете MsmqIntegrationBinding вместо netMsmqBinding, у вас есть ряд параметров форматирования, которые вы можете указать в привязке.Например,
<service name="MyQueueListenner">
<!-- Active X endpoint -->
<endpoint address="msmq.formatname:DIRECT=OS:.\private$\myQueue"
binding="msmqIntegrationBinding"
bindingConfiguration="ActiveXBinding"
contract="MyContract" />
<!-- .Net endpoint-->
<endpoint address="msmq.formatname:DIRECT=OS:.\private$\myOtherQueue"
binding="msmqIntegrationBinding"
bindingConfiguration="DotNetBinding"
contract="MyContract" />
</service>
...
<msmqIntegrationBinding>
<binding serializationFormat="ActiveX" name="ActiveXBinding" durable="false" exactlyOnce="false">
<security mode="None" />
</binding>
<binding serializationFormat="Xml" name="DotNetBinding" durable="false" exactlyOnce="false">
<security mode="None" />
</binding>
</msmqIntegrationBinding>
Это позволяет вам использовать весь спектр форматеров, обеспечивая наибольший диапазон взаимодействия с анализатором на основе System.Messaging.
Полный список значений приведен здесь: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.servicemodel.msmqintegration.msmqmessageserializationformat.aspx