Это зависит от вашей цели. Если вы хотите, чтобы он работал под системной учетной записью и позволял пользователю взаимодействовать с ним, вы не сможете этого сделать. Если вам абсолютно необходимо сделать это, лучше всего создать сервис, который обрабатывает операции, требующие дополнительных привилегий, и работать как Система, а также подключаться к этой службе из графического интерфейса пользователя, работающего от имени пользователя. Однако, если вы пойдете по этому пути, поймите, что вы создаете дыру в границе безопасности между тем, что может делать обычный пользователь, и тем, что может делать Система, поэтому убедитесь, что вы защищаете соединение между графическим интерфейсом и службой и ограничивает область действия. сервис только для того, что вам абсолютно необходимо.
Как упоминает lassevk, если вам нужно сделать это один раз или изредка, вы можете использовать runas для запуска в другом контексте безопасности, но при этом иметь интерактивный графический интерфейс / консоль.
С другой стороны, если вы просто хотите, чтобы он запускался без присмотра в определенное время, вы должны иметь возможность использовать планировщик задач, как предлагает Мартин.