Для службы Tomcat параметры запуска хранятся в реестре под ключом Options
по адресу:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Apache Software Foundation\Procrun 2.0\Tomcat<X>\Parameters\Java
(при необходимости замените соответствующую версию Tomcat).
Edit:
В 64-разрядной версии Windows раздел реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Apache Software Foundation\Procrun 2.0\Tomcat<X>\Parameters\Java
, даже если Tomcat работает под 64-битной JVM.