Наличие больших различий между различными ревизиями в целом не должно быть проблемой. Но если вы получаете массовые конфликты, происходит нечто иное. Возможно, вы не рассказали нам весь сценарий полностью. Конфликты могут возникать только тогда, когда два человека одновременно вносят изменения в один и тот же файл. Когда один из них выполняет реструктуризацию одного файла, в то время как другой работает с ним одновременно, как вы ожидаете объединить эти изменения?
Если коротко, , это не проблема, вызванная использованием SVN. Когда вы что-то реструктурируете, делайте это только на одной машине, и не позволяйте никому работать над тем же файлом время параллельно.
AFAIK. Вы можете настроить SVN для пессимистической (эксклюзивной) блокировки файлов, что поможет вам убедиться, что только один человек одновременно вносит изменения в один и тот же файл.