Зависит от используемой вами ОС.
Для Linux:
pclose(popen("php somefile.php &","r"));
обратите внимание на амперстенд в конце (очень важно).
Для окон:
pclose(popen("start php.exe somefile.php","r"));
здесь ключевое слово start
важно.
Надеюсь, это поможет.