Weka является очень слабым при кластеризации. На самом деле кластеризация в Weka практически не существует. Реализации, например, ОПТИКА - это, по сути, внешние программы, которые просто называются, но не интегрируются.
Возможно, вы захотите взглянуть на ELKI, http://elki.dbs.ifi.lmu.de/, который похож на Weka для кластеризации и обнаружения выбросов (хотя он не имеет классификации - здесь Weka сильна) У этого еще нет CURE, хотя, также. Но дюжина других кластеров и визуализаций для них.