Я подозреваю, что нет. Adobe AIR широко использует каталоги в профиле зарегистрированного пользователя для таких вещей, как локальное хранилище. Я полагаю, что это также, где это настраивает проверку для сертификата подписи кода. Поэтому, скорее всего, вы не сможете запускать приложение AIR с портативного устройства флэш-памяти.
Я предполагаю, что вы попробовали это. Если нет, то попробуйте. Установите приложение, используя один компьютер, и при появлении запроса о месте установки отправьте его на флэш-диск. Затем перенесите этот флэш-диск на другой компьютер, на котором установлен AIR, и попробуйте запустить его оттуда. Посмотрите, что происходит, и посмотрите, какую ошибку вы получите. Как я уже сказал, я подозреваю, что это не сработает.