Если вы передадите параметру DeployOnBuild значение true, то ваша сборка будет генерировать не только файлы обычного веб-сайта в _PublishedWebSites, но и файл, имя которого заканчивается на _Package.Он будет содержать ваш пакет, файл параметров и манифест, а также файл .cmd для развертывания пакета.
Что он будет содержать , а не - это все, что вы не сказали MSBUILD разместитьв пакет.В частности, нет, он не будет содержать настройки IIS, если вы не попросите MSBUILD разместить там настройки IIS.Он не получит настройки из эфира - он получит их только из вашего локального IIS, и только в том случае, если именно там вы настроили свой проект.