Очень простой способ - сначала удалить старые пакеты, а затем установить свежие пакеты :) Это так просто, верно? : D
Кстати @APC, как вы создаете новые пакеты? Используете скрипт slackbuild? Или ручной? Если вы используете скрипт SlackBuild, какой скрипт SlackBuild вы используете? Из установщика Slackware или с сайта SBo?