Вы можете использовать сортировку {}, обеспечивающую определенный вами порядок:
<g:each in="${litter.father.genotypes.sort{it.name}}" var="type">
<li><strong>${type.gene.name}:</strong> ${type.value.value}</li>
</g:each>
В этом примере список упорядочен по имени генотипа, вы должны отсортировать список с обязательным атрибутом или атрибутом из другого отношения класса.
С уважением.