Это должно быть возможно с использованием директивы SetEnv.Попробуйте добавить это в свой .htaccess:
SetEnv PERL5LIB /home/username/perl
Если вы хотите добавить более одного пути, разделите их с помощью :
, например:
SetEnv PERL5LIB /home/username/perl:/some/other/path
Вы можете (изКонечно) также используйте это, чтобы установить другие переменные окружения.
Другой вариант - добавить его в путь включения изнутри самого Perl.Вам нужно будет добавить строку use lib "/home/username/perl";
в скрипт (ы) CGI, где-то до того, как он загрузит установленные там модули.