Причиной разделения проекта на отдельные проекты core + UI является четкое разделение проблем исходного кода.
Два файла, которые вы упоминаете, файлы CSPROJ и CSPROJ.USER, предназначены только для VWD.Они не являются исходным кодом и не развертываются при публикации проекта.
Другие 2 файла, core DLL и core PDB, являются сборками времени выполнения и файлами отладки соответственно.Вашему проекту UI потребуется ссылка на них, чтобы можно было запускать код, написанный и скомпилированный в основной проект.
Таким образом, наличие Core.dll и Cord.pdb в папке bin вашего проекта пользовательского интерфейса в порядке и не нарушает SoC.Файлы csproj не имеют ничего общего с кодом, они существуют только для того, чтобы VWD мог управлять проектами.