К сожалению, нет. Обновить обновляет все сопоставленные таблицы. Вы можете не импортировать новые, но EF считает хорошей идеей поддерживать синхронизацию своей модели и базы данных. Я полагаю, что вы могли бы погрузиться в XML-код, получить копии того, что вы не хотите менять, а затем вернуть их обратно, но это за пределами моего опыта.
EDIT:
Из возможного дублирующего вопроса, приведенного выше, упоминается внешний инструмент http://www.huagati.com/dbmltools/, который выглядит так, как будто он справился бы с работой.