Попробуйте добавить perl.exe в perl cmd.
perlCmd = 'C:\perl\perl.exe c:/.../MyPerl.pl'
Во-вторых, вы используете обратную косую черту для пути в одном месте, косую черту в другом. Это может быть проблемой.
myenv = {'MYDIR' : 'C:\This\this\here', using backslash
'%DIR%\bin;%PATH%'} using slash
Просто попробуйте распечатать env, чтобы убедиться, что среда заполнена или нет:
process = subprocess.Popen(['cmd','/c', 'set'], shell=False, stdin = subprocess.PIPE, stdout = subprocess.PIPE, env = myenv)
Кроме того, вы забыли cd перед выполнением сценария perl.
process = subprocess.Popen(['cmd','/c', batchCmd ,'&&', 'cd %MYDIR%\SOURCE\FILES', '&&', perlCmd, perlValues], shell=False, stdin = subprocess.PIPE, stdout = subprocess.PIPE, env = myenv)
С уважением,