Вы не можете сделать это прямо из оболочки (без тройника).
Может быть, вы могли бы перенаправить файл, затем открыть этот файл из скрипта perl и распечатать на консоли. Что-то вроде:
use Path::Class; # Handy module, but you can do without
my $retvar = system("java -jar prog.jar >stdout.log 2>stderr.log ");
my $output = file('.', 'stdout.log')->slurp();
print $output; # or print STDERR $output;
Надеюсь, это немного поможет. Он по-прежнему хранит файл отдельно, а это, возможно, не то, что вы хотели.
Мишель.