Если вам не нужны все функции, тогда первым делом нужно перекомпилировать его, удалив все ненужные плагины, и тогда он будет меньше и при инициализации будет меньше кода.
Кроме того, если вы используете пользовательские плагины, вы должны объединить их в этот ckeditor.js.
После этого необходимо проверить, загружаются ли другие дополнительные файлы, которые можно объединить (например, использовать только один языковой файл).