Если кто-то наткнулся на это и не удовлетворен вышеуказанным решением, здесь следует очень простой обходной путь, чтобы не архивировать длинные подкаталоги. Он включает временное создание папки в C: /, а после архивирования просто удаляет ее:
ZipFiles <- list.files(".../ZipFiles") # Insert your long subdirectory into .../
dir.create("C:/ZipFiles")
dir.create(".../FolderToBeZipped")
file.copy(from = ZipFiles,to = "C:/ZipFiles")
zip(".../FolderToBeZipped",
files = "C:/ZipFiles")
unlink("C:/ZipFiles",recursive = TRUE)
Результат тогда ... / FolderToBeZipped.zip/ZipFiles/
Преимущество заключается в том, что вам не нужно находиться внутри подкаталога (или проекта) при выполнении кода.