Сначала вам нужно открыть хранилище корневых сертификатов ...
HCERTSTORE hRootCertStore = CertOpenSystemStore(NULL,"ROOT");
Затем добавьте сертификат, используя одну из функций CertAdd, например CertAddEncodedCertificateToStore.
CertAddEncodedCertificateToStore(hRootCertStore,X509_ASN_ENCODING | PKCS_7_ASN_ENCODING,pCertData,cbCertData,CERT_STORE_ADD_USE_EXISTING,NULL);
pCertData и cbCertData, скорее всего, будут указывать на данные сертификата, которые вы читаете из файла (не уверен, будет ли сертификат в файле или как вы включите его в свое приложение).
Затем закройте магазин ...
CertCloseStore(hRootCertStore,0);
ПРИМЕЧАНИЕ. Этот код, запускаемый от имени пользователя, устанавливает сертификат в корневое хранилище пользователя, а не в компьютер. Это также приводит к появлению диалогового окна с предупреждением, которое пользователь должен понять и выбрать «Да» для авторизации импорта. Если ваша программа установки может запустить этот код в системной учетной записи, импорт повлияет на корневое хранилище компьютера, и появится диалоговое окно с предупреждением.