Вы можете поместить скрипт сразу после элемента, который устанавливает на него фокус. Это установит фокус в самый ранний момент, то есть сразу после создания элемента.
<input type="text" id="ct_one" name="ct_pet[]" value="" />
<script type="text/javascript">
document.getElementById('ct_one').focus();
</script>