Используя растровый метод клонирования, вы можете напрямую преобразовать исходное изображение в индексированное изображение с палитрой 256 цветов, например:
Bitmap Result = Source.Clone(new Rectangle(0, 0, Source.Width, Source.Height), PixelFormat.Format8bppIndexed);
Тогда, если вы хотите получить доступ к цветам палитры, просто используйте свойство Result.Palette.Entries
.