Во-первых, позвольте мне спросить, что вы пытаетесь достичь? Это больше упражнение, чтобы понять, как работает NLog? Есть что-то конкретное, что пытаются достичь? Если последнее, возможно, уже есть санкционированный способ делать то, что вы хотите сделать.
Сказав это, у меня есть идея (которую я не пробовал), которая может сработать.
При взгляде на источник NLog кажется, что вы могли бы сделать что-то вроде этого:
LogManager.Configuration = new LoggingConfiguration();
Назначение новой конфигурации LoggingConfiguration выглядит так, как будто это приведет к тому, что процесс настройки регистрации будет запущен с нуля. Я не уверен, что произойдет с любыми регистраторами, которые могли быть получены, пока действовала старая конфигурация. Будут ли они еще действительны? Они вообще что-нибудь сделают?