Вы можете общаться из приложения с агентом через изолированное хранилище.
Однако остерегайтесь одновременно приложения и агента, так как они не могут одновременно обращаться к одному и тому же экземпляру IsolatedStorageSettings одновременно, и вы должны обязательно заблокировать использование файлов соответствующим образом, если используете их вместо этого.
Самый безопасный способ взаимодействия (если это необходимо для приложения) - это записать информацию, необходимую агенту, до его запуска. Таким образом, вы можете быть уверены, что избежите любых конфликтов доступа.