проблемы с rpy2, передача nls list () в качестве аргумента от python к R - PullRequest
Новая
       25

проблемы с rpy2, передача nls list () в качестве аргумента от python к R

1 голос
/ 01 апреля 2011

Я пытаюсь подогнать нелинейную кривую, используя rpy2 из массива numpy, но застрял, так как не знаю, как передать аргумент 'start' на стороне R.Я использую R 2.12.1 и python 2.6.6 

Error in function (formula, data = parent.frame(), start, control = nls.control(),  : 
parameters without starting value in 'data': responsev, predictorv
Traceback (most recent call last):
File "./employmentsHoro.py", line 279, in <module>
nls.nls2(formula=formula, data=dataf, start=mylist)
File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 83, in __call__
return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 35, in __call__
res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (formula, data = parent.frame(),start, control = nls.control(),  : 
parameters without starting value in 'data': responsev, predictorv

Может кто-нибудь помочь мне определить, как передать объект list () в формулу nls?

соответствующая часть моего кодаэто: 

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects import DataFrame, Formula
import rpy2.robjects.numpy2ri as npr
import numpy as np
from rpy2.robjects.packages import importr
nls = importr('nls2')
stats = importr('stats')

mylist = robjects.r('list(a=700,b=0.8,c=200000)')

dataf = DataFrame({'responsev': professions, 'predictorv': totalEmployment})
starter= DataFrame({'a':700,'b':0.80,'c':200000})
formula = Formula('responsev ~I( a*(predictorv/c)^b )/( 1+( predictorv/c )^b )')
nls.nls2(formula=formula, data=dataf, start=starter)

1 Ответ

0 голосов
/ 01 апреля 2011

Основная ошибка такова: 

Error in function (formula, data = parent.frame(), start, control = 
nls.control(),  : parameters without starting value in 
    'data': responsev, predictorv

Где объявлены переменные профессии? а DataEmployment? кажется, они не имеют начального значения, может быть, вам нужно изменить / преобразовать в нечто, что R понимает?

...