Единственный способ сделать это с помощью Photoshop - это установить одну ось одинакового размера на всех изображениях или выполнить остановку после выполнения каждого действия, чтобы вы могли вручную изменить размер фотографии до нужных размеров.
Первый вариант не похож на то, что вы хотите, а второй вариант не сэкономит вам много времени. Использование двух папок звучит как лучший вариант, при условии, что у вас есть только два разных размера фотографии для изменения размера.