Представление Package Explorer может быть разборчивым в отношении того, какое содержимое оно показывает. Файлы там, видимы для Eclipse, но просто не видны в этом представлении. Попробуйте другой вид навигации, например Project Explorer. Представление, которое наиболее точно отображает фактическое содержимое файла проекта, - это Navigator.