Вам нужно сохранить файл как файл WAVE вместо файла caf. Затем вы можете использовать libFLAC и wav_to_flac , чтобы преобразовать его в кодированный звук FLAC:
#include "wav_to_flac.h"
NSString *flacFile = //path to the output file
NSString *waveFile = //path to the wave input file
const char *wave_file = [waveFile UTF8String];
const char *flac_file = [flacFile UTF8String];
int conversionResult = convertWavToFlac(wave_file, flac_file);
// Do something with the file