Не оставляйте локальные изменения на своих производственных машинах, и нет риска конфликтов.
Производственные установки должны извлекать из выделенной ветви / тега (например, использовать gitflow , производственные машины извлекают из последней метки или просто master), а не из ветви, в которую вы регулярно нажимаете (разрабатываете, если вы используете git -поток).