Вам следует передать FlexGlobals.topLevelApplication в качестве аргумента для createpopup, если вы хотите позже центрировать панель / titleWindow.
Итак, здесь это будет
var helpWindow:TitleWindow=
PopUpManager.createPopUp(this,FlexGlobals.topLevelApplication , true) as TitleWindow;
PopUpManager.centerPopUp(helpWindow);
Imуверен, что это сработает.