Хороший способ сделать это - сохранить данные из ваших элементов управления в каноническую форму, а затем сделать этот класс сериализуемым. Затем вы можете сохранить эти данные в файл. Вот ссылка о сериализации в Java.
UPDATE
Я только что заметил, что вы сказали, что у вас есть тысячи элементов управления формой. Таким образом, вы, вероятно, не хотите делать все это в одном классе, но вы, вероятно, хотите поддерживать иерархию классов и разбивать данные на отдельные классы. Это также поможет вам отделить ваши проблемы. Надеюсь, у вас есть POJO или доменные классы, которые представляют ваши данные. Если это так, ваша задача будет намного проще. Вот почему хорошо разделять проблемы:).