Если вы хотите использовать main.php напрямую, измените $ layout в вашем базовом контроллере (скорее всего Controller.php в компонентах). Обратите внимание, что Yii использует column1 и column2 для размещения виджетов / панелей навигации в коде CRUD, сгенерированном Gii. Если вы не используете их, просто удалите файлы columnd и измените настройки по умолчанию, как описано выше.