То, что ваша проблема связана с SQL, а не с драйвером ODBC, легко установить, просто попробуйте выполнить запрос напрямую, используя собственный инструмент MySQL, который не использует драйвер ODBC.
Я уверен, что вы найдете, что ваш запрос выполняется одинаково медленно без драйвера (что в таком случае очень мало).
Я бы сказал, что проблема в вашем запросе - я нахожу его очень многословным и не понимаю, почему вы выполняете его таким образом, хотя ваш синтаксис затрудняет точное определение того, что вы пытаетесь сделать, насколько это возможно. Я могу видеть, что этот запрос может быть выражен и простое закрытое соединение между двумя таблицами без ЛЮБОГО суб-выбора.
Удаление суб-выбора радикально увеличит вашу производительность в этом случае. Кроме того, взгляните на @ duffymo'S anwser и используйте EXPLAIN, чтобы увидеть, в чем вам могут помочь некоторые индексы оценки.