загрузка больших данных при использовании R для проведения t-теста

Question

Я сейчас использую R, чтобы сделать t-тест из двух выборок.Я вижу много примеров сценариев в интернете, как показано ниже:

#!/usr/bin/env Rscript

dataset.1= c(498, 460, 468, 458, 530, 482, 528, 598, 456)
dataset.2= c(596, 422, 524, 454, 538, 552, 478, 564, 556)


t.test(dataset.1, dataset.2, paired=T,conf.level=0.9)

ОК, это хорошо для меня.Но моя проблема заключается в следующем: у меня огромный объем данных, как показано ниже:

GENE CANCER1 CANCER2 CANCER3 NORMAL1 NORMAL2 NORMAL3
gene1 123    232   322   898  988  899
.....
.....
gene7000  233 434 434 897 676 654

Тогда как я могу загрузить эти данные (путь + xxx.txt) в сценарий?

Также, что более важно, как я могу конкретно указать определенные столбцы в моем скрипте?скажи теперь я надеюсь сравнить data1=c(233,434,434,) и data2=c(897,676,654) для gene7000?

Спасибо

Answer 1

Руководство по импорту / экспорту R, которое поставляется с установкой R или доступно здесь , содержит много информации о различных способах передачи ваших данных в R, что лучше всего зависит от того, какие ваши данные выглядит и насколько он большой. Это может быть так же просто, как использовать функцию read.table, или для большого набора данных лучше использовать базу данных.

Если вы используете read.table или подобное, тогда ваши данные будут находиться во фрейме данных, и вы можете выполнить t-тест, используя код, подобный следующему (при условии, что ваш фрейм данных называется mydata):

t.test(mydata$CANCER1, mydata$NORMAL1)

Запустите help('[[') для получения дополнительной информации о извлечении частей объекта данных.

Answer 2

Это должно быть довольно просто.Вы можете передать любые аргументы, которые вы хотите, вашему скрипту R в командной строке.Вы можете передать имена файлов, имя вектора или номер столбца и т. Д. Чтобы получить аргументы из R, сделайте что-то вроде этого:Информация.