Если вы используете один VirtualHost с несколькими ServerAliases, вы можете использовать RewriteCond с переменной% {HTTP_HOST} для применения правил перезаписи к определенному домену.
Если вы уже переписываете URL-адреса, чтобы предоставить более удобные пути URL-адресов для .com, должно сработать что-то вроде следующего:
# French rewrites
RewriteCond %{HTTP_HOST} example.fr
RewriteRule ^(.*)$ /lang/fr/index.php/$1 [L]
# Fallback to .com
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Возможно, вам потребуется добавить дополнительные строки RewriteCond, чтобы избежать переписывания запросов на изображения / CSS и т. Д.