не знаю, поможет ли это вам, но после некоторой борьбы я прекратил отладку в eclipse и перешел на старый добрый gdb (который в любом случае является бэкендом для отладки eclipse) - он был слишком медленным. Вы привыкнете к интерфейсу командной строки раньше, чем вы ожидаете, и он быстрый, удобный, интуитивно понятный, но мощный. Мне нравится работать с UI и IDE, но не любой ценой. В gdb есть несколько «оболочек» пользовательского интерфейса, ddd - одна из самых популярных, но они тоже не идеальны.
Что касается разделяемых библиотек - если вы попытаетесь установить точку останова до загрузки библиотеки, GDB выдаст предупреждение и предложит запомнить его и активировать при будущей загрузке. Или вы можете пройти программу, пока библиотека не будет загружена.