Я недавно прошел этот процесс. Сертификат не такой дорогой - мы получили сертификат для подписи кода менее чем за 100 долларов.
После получения сертификата следуйте часто задаваемым вопросам HOWTO: инструкции по подписанию кода * для подписи вашего кода (двоичные файлы).
После этого вам нужно перейти к свойствам проекта -> Подписание и загрузить там свой сертификат (это для ClickOnce). Вы можете пропустить подписание кода и подписать только ClickOnce.
ClickOnce требует сертификат для подписи кода, другие не будут работать, см. ClickOnce Deployment и Authenticode :
Для приложений ClickOnce вы должны иметь сертификат Authenticode
это действительно для подписи кода; если вы попытаетесь подписать ClickOnce
приложение с другим типом сертификата, например, электронная почта
сертификат, он не будет работать.
18 января ОБНОВЛЕНИЕ:
StartSSL больше не является доверенным, и я НЕ нашел никаких бесплатных (или похожих на то, что предлагал StartSSL) сертификатов для подписи кода. В конце концов, я пошел с ksoftware.net - $ 84 / год за сертификат подписи кода Comodo (но вам нужно иметь доступ к записи DUNS для них!)