Вот пример SSCCE, который пытается продемонстрировать вашу проблему.Возможно, вы можете изменить его, чтобы показать нам, что происходит:
import java.awt.*;
import javax.swing.*;
public class BoxLayoutEg {
public static void main(String[] args) {
JTextArea area1 = new JTextArea(10, 20);
JToggleButton toggleBtn = new JToggleButton("Foo");
JTextArea area2 = new JTextArea(10, 20);
JPanel toggleBtnPanel = new JPanel();
toggleBtnPanel.setLayout(new FlowLayout(FlowLayout.CENTER, 0, 0));
// toggleBtnPanel.setLayout(new GridLayout());
toggleBtnPanel.add(toggleBtn);
JPanel mainJPanel = new JPanel();
mainJPanel.setLayout(new BoxLayout(mainJPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
mainJPanel.add(new JScrollPane(area1));
mainJPanel.add(toggleBtnPanel);
mainJPanel.add(new JScrollPane(area2));
JOptionPane.showMessageDialog(null, mainJPanel);
}
}