Я не знаком с cdLocalTime, но одна ошибка, которую я вижу в вашем коде, заключается в том, что вы добавляете два элемента div с одинаковым идентификатором. Это не красиво, но попробуйте:
$i = 0;
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
$futuredate = date('F d, Y H:i:s', time()+$row['TimeLeft']);
?>
<div id="cdcontainer_<?=$i?>"></div>
<script type="text/javascript">
var launchdate=new cdLocalTime("cdcontainer_<?=$i++?>", "server-php", 0, "<?= $futuredate;?>", "debugmode")
launchdate.displaycountdown("days", formatresults)
</script>
<?php }
Таким образом, у вас будут cdcontainer_0 и cdcontainer_1 для этих 2 раз. На всякий случай "<? =" Не работает так же, как "<? Echo" </p>