Эта формулировка вводит в заблуждение. ClickOnce отлично подходит для часто используемых и приложений. Тем не менее, в нечастом сценарии ClickOnce особенно хорош, потому что пользователи могут просто запустить приложение и сразу же перейти на самую новую версию, а не возиться с загрузкой / запуском MSI и затем выполнять запросы на установку. Это не значит, что он плохо работает с приложениями, которые вы используете ежедневно. Наоборот, он прекрасно работает.
Ваше приложение может запросить полное доверие и затем сможет делать все, что имеет пользователь, у которого есть приложение. Поэтому создание / редактирование XML-файла не должно быть проблемой. Строка о том, что «оно больше не доступно» после закрытия приложения, ложна. Все файлы ClickOnce устанавливаются в профиль пользователя и остаются там, когда приложение закрыто. У вас есть несколько вариантов для вашего XML-файла. Я использовал изолированное хранилище на уровне приложения ранее, и оно работало довольно хорошо, но это может зависеть только от вашего сценария.