Добавление их в качестве предварительных условий является правильным подходом.
Тот факт, что их окна отображаются за установщиком, на самом деле является ограничением в Windows. Начиная с Vista, окна больше не отображаются сверху по умолчанию, чтобы предотвратить спам с помощью всплывающих окон. Вместо этого они отображаются в фоновом режиме, а кнопка панели задач мигает.
Так что ты мало что можешь сделать. Единственный подход, который я бы порекомендовал, - это попробовать некоторые другие инструменты авторизации установки и посмотреть, сможете ли вы найти такой, который не ведет себя так. Некоторые загрузчики используют специальный код, который выводит обязательные окна сверху.