AFAIK, между этими версиями нет большой разницы в скорости реализации. Последний 3.7.9 быстрее.
Я думаю, что вы не используете один и тот же менеджер памяти в ваших двух реализациях. Я предполагаю, что ваши внешние ссылки malloc / free не реализованы одним и тем же способом: ваш 3.7.2 может использовать Delphi FastMM4, тогда как 3.7.9 может использовать кучу Windows или MSCRT по умолчанию.