Вы можете сделать все, что вам нужно, чтобы сделать Heroku мудрым с драгоценным камнем Heroku. Имейте в виду, однако, что для аутентификации потребуются учетные данные, поэтому вы должны быть счастливы хранить их в конфигурации приложения.
С точки зрения git, используйте ruby-git.
Вероятно, стоит взглянуть на то, что вы делаете мультитенантно, так что вам не нужно беспокоиться об этой проблеме, а также не придется беспокоиться о сотнях приложений, которые нужно поддерживать (обновления, исправления и и т.п.)