Я не знаю о других, но это традиционно довольно сложно в Kettle, но люди делают это по-разному.
Лучшим вариантом для этого является (совершенно новый) шаг внедрения, который позволяет вам делать действительно умные вещи с метаданными - но он работает только для некоторых основных шагов. Я думаю, что он будет делать то, что вы хотите, читайте об этом в блоге Мэтта Кастерса (PDI Creator и бог) здесь:
http://www.ibridge.be/?s=inject&submit=Go
Если это не сработает; тогда другие ваши варианты - пойти по пути общего имени поля (неприятно) или динамически сгенерировать преобразование. Это проще, чем кажется, но вам потребуется гораздо более активное участие в Java, чем обычно для инструмента ETL.