Как говорит Брэндон, я настоятельно рекомендую суммировать данные самостоятельно перед использованием ggplot, но вы можете получить доступ к суммированному "y" следующим образом:
d <- data.frame(expand.grid(x=1:4, rep=1:3), y=rnorm(4*3))
ggplot(d, aes(x, y)) +
stat_summary(mapping=aes(colour=factor(ifelse(min(..y..)==..y.., 1, ifelse(max(..y..)==..y.., 3, 2))
)), fun.y=mean, geom="point")
возможно, это трудно понять.