Все зависит от того, где вы хотите использовать этот конфиг. Я не вижу и не понимаю, где вам нравится использовать этот объект Zend Config.
Базовый URL-адрес - это то, что вы должны установить в объекте запроса контроллера. Самый общий способ установить базовый URL-адрес:
$fc = Zend_Controller_Front::getInstance();
$fc->setBaseUrl('/base');
Если вы предоставите больше информации о вашей конфигурации, у вас наверняка будут другие варианты и ответы.