Есть несколько способов сделать это.Один из них - использовать скрипт сборки, такой как Maven или Ant, чтобы создать его для вас, и указать другое имя в app.xml для версии для Android и iOS.Может быть способ сделать это в Flash Builder (который, как я полагаю, вы используете) с помощью некоторой переменной среды.
Другой способ сделать это - создать 2 разных проекта, один для Androidи один для iOS, затем создайте «общую» библиотеку между двумя, где лежит большая часть кода.Я предпочитаю такой подход, так как заметил некоторые несоответствия, когда код ведет себя по-разному в разных ОС ».Используя этот подход, вы можете обойти эти крайние случаи, например, тот, который у вас сейчас есть.